RT-PCR היא בדיקה מאוד ספציפית ורגישה. עם זאת, ברגע שמחלימים מהמחלה והנגיף חוסל, בדיקות RT-PCR לא יוכלו להראות שהייתה מחלה (לא יוכלו להראות שאדם שהחלים, היה נשא של הנגיף ושהוא בעצם "מחלים" ולא "אדם שלא נדבק מעולם"). בנוסף, RT-PCR היא בדיקה המתבצעת במעבדה ועורכת מספר שעות. על כן חולים המבודדים עצמם מרצון ולהם תסמיני שפעת קלים, לא יוכלו לדעת בוודאות האם נדבקו בנגיף הקורונה עד שייקחו מהם דגימה למעבדה. יש לציין שישנם מכשירים מהירים בבדיקות RT-PCR ואת הבדיקה מבצעות תוך שעתיים.