ישנן קבוצות ענקיות של נגיפים אשר תוקפים באופן ספציפי רק חיידקים. לנגיפים אלה קוראים בקטריופאג'ים או בקיצור: פאג'ים. בשני העשורים האחרונים, בעקבות התפתחות עמידות חיידקים לאנטיביוטיקה, החלו בעולם להשתמש יותר ויותר בפאג'ים כנגד זיהומים חיידקיים, אך לא בבני אדם. בענף החקלאות, בגידולי עופות ובקר ישנם מקומות בהם משתמשים בפאג'ים במקום אנטיביוטיקה בכדי לטפל בזיהומים חיידקיים.

"המרכז לבקרת מחלות" (ה- CDC: סוכנות ממשלתית לבריאות הציבור בארה"ב העוסקת בחקר ומניעת מחלות) מגדיר את בעיית עמידות החיידקים לאנטיביוטיקה כאחת הבעיות הדחופות ביותר שיש בכל הנוגע לבריאות הציבור. היום (2016), ישנן מדינות כגון רוסיה וגאורגיה בהם משתמשים בפאג'ים כנגד חיידקים גם בבני אדם, אך במערב לעומת זאת עדיין חל איסור מוחלט.

יתרונות וחסרונות

אחד היתרונות בשימוש בפאג'ים כנגד חיידקים הוא הספציפיות שלהם. פאג'ים הרבה יותר ספציפיים מאנטיביוטיקה ולכן בזמן השימוש בהם, הפלורה הטבעית ("החיידקים הטובים") שלנו אינה נפגעת. בנוסף, בניגוד לאנטיביוטיקה, גם אם חיידקים יצליחו לפתח עמידות כנגד פאג'ים, הפאג'ים יתגברו על העמידות ויצליחו להשמיד גם את החיידקים העמידים.